با عنایت به انتشار گسترده کتابهای «دکتر سها» در جوامع و ضرورت پاسخگویی به شبهات مطرح شده در این کتابها، پایاننامههایی برای بررسی و پاسخ شبهات این کتابها به نگارش در آمده و مورد دفاع قرار گرفته که مهمترین آنها عبارت است از:
۱ـ «بررسی شبهات ناظر به انتساب صفت ظلم به خداوند در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن کریم در شهر مقدس قم از سوی «خانم سمانه تمیزی» که در سال ۱۳۹۴ شمسی شروع شده و در آذر سال ۱۳۹۵ شمسی، دفاع شده است.
۲ـ «بررسی شبهات موهم نظام طبقاتی قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی «خانم مینا موسوی» در سال ۱۳۹۴ شمسی شروع شد و در دی ماه سال ۱۳۹۵ شمسی، مورد دفاع قرار گرفت.
۳ـ «نقد شبهات ناظر به برخی اشکالات ادبی در قرآن (بر اساس کتاب "دکتر سها")» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم و فنون قرائت قرآن (دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم) در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه فرهادیان» در سال ۱۳۹۴ شمسی شروع شد و در ۲۷ اردی بهشت سال ۱۳۹۶ شمسی، مورد دفاع قرار گرفت.
۴ـ «نقد شبهات ناظر به آموزههای سیاسی و حکومتی قرآن و سنت پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله)» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی خانم «زینب عباسزاده» در سال ۱۳۹۴ شمسی شروع شده و در سوم اسفند سال ۱۳۹۵ شمسی، دفاع شده است.
۵ـ «پاسخ به شبهات خشونتطلبی پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که از سوی «خانم آرزو خواجه» در سال ۱۳۹۴ شمسی شروع شده و در دوم اسفند سال ۱۳۹۵ شمسی، دفاع شده است.
۶ـ «پاسخ به شبهات مربوط به پیشرفت و آزادی در قرآن» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر مقدس قم که از جانب «آقای ایرج محبوبی» در مهر ماه سال ۱۳۹۴ شمسی، شروع شده و در ۲۳ شهریور ماه سال ۱۳۹۶ شمسی، دفاع شده است.
۷ـ «اخلاق اجتماعی در قرآن با محوریت نقد قرآن دکتر سها» در مقطع کارشناسی ارشد دانشکده علوم قرآنی اصفهان که توسط «خانم صدیقه صابری» از سال ۱۳۹۵ شمسی، شروع شده و در ۲۵ دی سال ۱۳۹۶ شمسی، مورد دفاع قرار گرفته است.
۸ـ «نقد و بررسی شبهات پیرامون عدالت، آزادی و پیشرفت در آیات قرآن» که از سوی «آقای محمد اسماعیل ابراهیمی فرد» در مقطع سطح سه از حوزه علمیه در شهر مقدس قم در اسفند ماه سال ۱۳۹۵ شمسی، شروع شده و در ۱۲ بهمن ماه سال ۱۳۹۶ شمسی، دفاع شده است.
۹ـ «نقد شبهات ناظر به انتساب اضلال به خداوند با تأکید بر شبهات دکتر سها» که توسط «خانم لیلا نادری» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم، از اسفند سال ۱۳۹۵ شمسی، شروع شده و در ۲۰ اسفند سال ۱۳۹۶ شمسی، دفاع شده است.
۱۰ـ «نقض شبهات اتهام اخلاق طبقاتی در قرآن» که از سوی «آقای سید مهدی جلیل پور» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر قم، در سال ۱۳۹۵ شمسی، شروع به نگارش شده و در ۱۵ اسفند سال ۱۳۹۶ شمسی، دفاع شده است.
۱۱ـ «بررسی شبهات ناظر به احکام قضایی قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی «خانم الهام اسلامی» از سال ۱۳۹۶ شمسی، شروع به نگارش شده و در ۲۱ اسفند سال ۱۳۹۶ شمسی، دفاع شده است.
۱۲ـ «روشهای هدایت قرآن با تأکید بر نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده اصول دین در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه قمی تفرشی» در سال ۱۳۹۵ شمسی، آغاز شده و در روز چهارشنبه، پنجم اردیبهشت سال ۱۳۹۷ شمسی، با امتیاز ۱۹ دفاع شده است.
۱۳ـ «کرامت زن در قرآن با تأکید بر پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن» در رشته تفسیر و علوم قرآن در مقطع سطح سه از جامعة الزهراء (علیها السلام) در شهر قم، از سوی «خانم ثریا شاعیدی» که از سال ۱۳۹۵ شمسی شروع شده و در روز پنج شنبه هفتم تیر سال ۱۳۹۷ شمسی، در ساعت ۸ صبح، مورد دفاع قرار گرفته است.
۱۴ـ «نقد شبهات معاصر در مورد علوم طبیعی در قرآن (بررسی فصل دوم کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» در مقطع سطح چهار حوزه علمیه در شهر مقدس قم، از سوی «آقای یوسف جمالی» که از سال ۱۳۹۳ شمسی شروع شده و در ۱۶ تیر سال ۱۳۹۷ شمسی، دفاع شده است.
منبع: تذکره